Скорее всего у вас 2 программы в одной папке, так быть не должно. Разделите их по разным папкам, в каждой должен лежать файл с настройками и собственно сама программа.

У меня они так и так стоят в разных папках. Если бы они были в одной то настройка кнопок в обоих программах были бы одинаковые) А настроено у меня по разному.

П.С. Ради интереса попробовал на разных жесткие диски перекинуть и вроде как начали работать.

Ничего не поменялось. Я играю с одним асистенсом, захожу на другого персонажа использую другую и она не работает. Ничего не происходит, пока снова не укажу путь к игре. П.С. в адонах один адон на оба асистенса, мб в этом дело?

Аддон один для всех ассистентов, он генерирует для вас название и остаётся с вами.
Что ещё мешает я даже представить не могу. Попробуйте в свойствах папки снять чекбокс на "только чтение".

Снимаю но оно ставится обратно. Честно я не знаю с чем это связанно. Мб из за кнопки паузы то что оно одинаковое и там и там(Я просто раньше не пользовался кнопкой паузы и все нормально было всегда)