1. Работают ли модификаторы типа ctrl\alt\shift в настройке кнопок?
2. Работают ли кнопки мыши аля средняя кнопка \ колесо вверх \ колесо вниз в настройке кнопок? Если да, то как они обозначаются?

Нет, пока сочетания не поддерживаются. Добавим в следующих версиях.

А колесики и средняя кнопка будут добавлены?